Modificado por Sentencia C-674 de 2017 de la Corte Constiucional como Declarado inexequible parcialmente Las expresiones “a solicitud de alguno de los magistrados de la sección que conozca del caso” y “que el magistrado establezca”, contenidas en el inciso 2º del artículo transitorio 12º del artículo 1º.

Procedimiento y reglamento. Los magistrados que integran la JEP estarán facultados para elaborar las normas procesales que regirán esta jurisdicción y que deberán ser presentadas por el Gobierno nacional al Congreso de la República, incluido el régimen disciplinario aplicable a sus funcionarios que no sean magistrados. Estas normas deberán garantizar los principios de imparcialidad, independencia judicial, debida motivación, publicidad, debido, proceso, contradicción, derecho a la defensa, presunción de inocencia, favorabilidad, libertad de escoger abogado acreditado para ejercer en cualquier país, participación de las víctimas como intervinientes según los estándares nacionales e internacionales y los parámetros establecidos en el Acuerdo Final y doble instancia en el marco de un modelo adversarial. También regularán los parámetros que deberán ser utilizados por la JEP para evaluar si se han presentado o no incumplimientos de las condiciones del sistema, así como la forma de graduar en cada caso las consecuencias que tales incumplimientos acarrean, siempre dentro de los parámetros fijados en el Acuerdo Final.

El Procurador General de la Nación, por sí o por sus delegados y agentes, podrá intervenir en las diligencias, para la defensa de los derechos fundamentales de las víctimas en los procesos que se sigan ante la Jurisdicción Especial para la Paz.

En los supuestos en los que la Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad solicite a la Sección de Revisión del Tribunal para la Paz que haga comparecer a una persona respecto de la cual hubiere fundamentos claros y suficientes que hagan presumir su participación determinante en una de las conductas que trata el numeral 40 del Punto 5.1.2 del Acuerdo Final, la Sala no podrá fundamentar su solicitud, ni la sección podrá ordenarles comparecer con base exclusivamente en los informes recibidos por la JEP, sino que deberán corroborarlos a través de otras pruebas.

Cuando un testigo declare contra alguna persona por conductas de competencia de la Jurisdicción Especial para la Paz a cambio de obtener beneficios procesales o punitivos de cualquier naturaleza, el valor probatorio de su testimonio estará supeditado a que el contenido del mismo sea corroborado por otras pruebas.

En las actuaciones que adelanten los órganos de la Jurisdicción Especial para la Paz no se podrá presumir el carácter masivo o sistemático de las conductas punibles investigadas, ni que el hecho ha sido cometido como parte de un plan o política o como parte de la comisión en gran escala de tales crímenes; todo ello deberá acreditarse de conformidad con prueba legalmente producida.

Sin incluir normas procesales, los magistrados de la JEP adoptarán, en el ejercicio de su autonomía, el reglamento de funcionamiento y organización de la JEP, respetando los principios de imparcialidad, independencia y las garantías del debido proceso, evitando cualquier nueva victimización y prestando el debido apoyo a las víctimas conforme a lo establecido en los estándares internacionales pertinentes. El reglamento precisará las funciones del Presidente y del Secretario Ejecutivo, así como las relaciones entre ellos y los demás órganos de la JEP, establecerá un mecanismo para la integración de la Sección del Tribunal para la Paz que garantice la estabilidad, eficacia y cumplimiento de las resoluciones y sentencias de la JEP, fijará el procedimiento que esta deba aplicar para el desarrollo de sus funciones y señalará los mecanismos de rendición de cuentas sobre la gestión de la JEP, a cargo de su Secretaría Ejecutiva, siempre que no menoscaben su autonomía.

La ley determinará qué actuaciones procesales de las que corresponde desarrollar a las Salas de la JEP deben estar protegidas por la reserva con el fin de garantizar los derechos fundamentales al buen nombre y a la intimidad de todos aquellos cuyas conductas sean competencia de la JEP.